因为一场突发事件，一个由南美洲漂流至北美的巨大冰山携带着神秘的外星能源Xeno，出现在了北美洲的近海。然而，与此同时，一个恶名昭彰的私人军事公司Coral组织也得知了这个消息，并率先抵达了冰山。与此同时，Coral组织利用Xeno能源改造人类并利用他们进行实验和攻击。艾尔必须多次穿越战区，与Coral组织的特种兵和其变异士兵展开殊死搏斗，最终阻止Coral组织的阴谋，拯救人类。
《孤岛危机》是一款以科幻背景为基础的第一人称射击游戏，而重制版则是对原版游戏进行了全面升级和改进。故事背景设定在未来的近些年，全球能源危机愈演愈烈，各国都在争夺稀有的能源资源，为了确保能源的稳定供应，一个由美国领导的北美联邦组织(North American Republic, 简称NAR)成立了一支特殊部队作为保卫者。
然而，悲剧却不期而至。因为一场突发事件，一个由南美洲漂流至北美的巨大冰山携带着神秘的外星能源Xeno，出现在了北美洲的近海。NAR无法抗拒诱惑，为了获取这个能源，他们组织了一支由高级士兵和科学家组成的特遣队前往冰山进行研究与挖掘。
然而，与此同时，一个恶名昭彰的私人军事公司Coral组织也得知了这个消息，并率先抵达了冰山。由于他们极度渴望能源的力量，Coral组织展开了冰山上的各种实验，最终解开了Xeno能源的秘密。他们发现，Xeno能源具备着强大且致命的力量，可以改变人类的基因以及自然环境，甚至能够控制生命。
NAR的特遣队员“普罗菲特神射手”艾尔·杰克逊（Alcatraz）在一次营救行动中受伤，身负重伤的他接受了一项新兴的技术——纳米服装技术，这项技术可以为人类提供强大的力量。艾尔最终成为纳米服装的接收者，拥有了超人般的力量并成为了孤岛上唯一的生还者。
与此同时，Coral组织利用Xeno能源改造人类并利用他们进行实验和攻击。孤岛变成了一片战火纷飞的危险之地，悬而未决的核战争也让整个北美洲处于危机边缘。艾尔必须多次穿越战区，与Coral组织的特种兵和其变异士兵展开殊死搏斗，最终阻止Coral组织的阴谋，拯救人类。